Pepper Marker Database

Pepper genome (Pepper.v.1.5, Kim et al. 2014 Nat Genet) list : Pepper.v.1.5.chr05

Order of Pepper markers and Pepper gene models

Pepper markers on the Pepper genome (Pepper.v.1.5, Kim et al. 2014 Nat Genet)

Total Entries: 295

Marker Color EST-SNP EST-SSR Genome-SSR Intron-SNP

Marker Name PIC value PIC lines Genome
Name Position*
CaES4120 Pepper.v.1.5.chr05 210387729 1e-100
CaES5171 Pepper.v.1.5.chr05 210478650 1e-152
CaES5497 Pepper.v.1.5.chr05 210967633 2e-63
CaES3401 Pepper.v.1.5.chr05 213921220 1e-116
CaES0643 Pepper.v.1.5.chr05 214239189 1e-108
CaES0770 Pepper.v.1.5.chr05 214240620 8e-49
CaES0174 Pepper.v.1.5.chr05 214430134 9e-42
CaES2115 Pepper.v.1.5.chr05 214433700 1e-133
CaES4940 Pepper.v.1.5.chr05 214434116 1e-115
CaES3268 Pepper.v.1.5.chr05 214792476 1e-122
CaES0141 Pepper.v.1.5.chr05 214794300 1e-29
CaES0328 Pepper.v.1.5.chr05 215975863 2e-89
CaES2426 Pepper.v.1.5.chr05 215975863 6e-90
CaES4884 Pepper.v.1.5.chr05 216056830 1e-59
CaES0571 Pepper.v.1.5.chr05 216400520 1e-117
CaES3257 Pepper.v.1.5.chr05 217088330 1e-119
CaES1939 Pepper.v.1.5.chr05 217118087 9e-97
CaES2472 Pepper.v.1.5.chr05 217939961 1e-95
CaES2400 Pepper.v.1.5.chr05 219194345 2e-98
CaES0591 Pepper.v.1.5.chr05 219194647 1e-112
CaES5127 Pepper.v.1.5.chr05 219266569 1e-129
CaES5315 Pepper.v.1.5.chr05 219570500 3e-73
CaES4826 Pepper.v.1.5.chr05 220136664 7e-48
CaES5099 Pepper.v.1.5.chr05 220385498 1e-141
CaES2630 Pepper.v.1.5.chr05 220449723 1e-146
CaES2057 Pepper.v.1.5.chr05 220449758 1e-167
CaES2957 Pepper.v.1.5.chr05 221030666 1e-81
CaES3833 Pepper.v.1.5.chr05 221155606 2e-47
CaES0365 Pepper.v.1.5.chr05 221167215 4e-63
CaES1510 Pepper.v.1.5.chr05 221194283 1e-74
CaES1608 Pepper.v.1.5.chr05 221197622 1e-45
CaES4076 Pepper.v.1.5.chr05 221203141 1e-103
CaES2669 Pepper.v.1.5.chr05 221289002 5e-63
CaES4203 Pepper.v.1.5.chr05 221313893 1e-100
CaES1396 Pepper.v.1.5.chr05 221391297 1e-119
CaES1752 Pepper.v.1.5.chr05 221410535 1e-134
CaES4353 Pepper.v.1.5.chr05 221736307 2e-42
CaES0645 Pepper.v.1.5.chr05 221839321 1e-136
CaES1149 Pepper.v.1.5.chr05 221894809 3e-80
CaES3156 Pepper.v.1.5.chr05 221905942 1e-146
CaES3176 Pepper.v.1.5.chr05 222105838 5e-66
CaES2379 Pepper.v.1.5.chr05 222105838 1e-49
CaES3371 Pepper.v.1.5.chr05 222834091 1e-74
CaES1266 Pepper.v.1.5.chr05 223078508 7e-89
CaES3466 Pepper.v.1.5.chr05 223100858 1e-103
* Best match positions of the marker sequences to the genome databases using tblastx (<1e-20) without filtering query sequence.

Total Entries: 295

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