Pepper Marker Database

Pepper genome (Pepper.v.1.5, Kim et al. 2014 Nat Genet) list : Pepper.v.1.5.chr12

Order of Pepper markers and Pepper gene models

Pepper markers on the Pepper genome (Pepper.v.1.5, Kim et al. 2014 Nat Genet)

Total Entries: 384


Marker Color EST-SNP EST-SSR Genome-SSR Intron-SNP

Marker Name PIC value PIC lines Genome
(Pepper.v.1.5)
Evalue
Name Position*
CaES1427 Pepper.v.1.5.chr12 27495351 1e-115
CaES1434 Pepper.v.1.5.chr12 214809723 2e-80
CaES1438 Pepper.v.1.5.chr12 207407097 2e-85
CaES1461 Pepper.v.1.5.chr12 181672530 4e-25
CaES1465 0.0 0 Pepper.v.1.5.chr12 78688649 1e-116
CaES1493 Pepper.v.1.5.chr12 35058566 1e-29
CaES1508 Pepper.v.1.5.chr12 54885870 3e-80
CaES1542 Pepper.v.1.5.chr12 4389948 3e-43
CaES1545 Pepper.v.1.5.chr12 223122487 1e-122
CaES1564 Pepper.v.1.5.chr12 230054374 2e-25
CaES1566 Pepper.v.1.5.chr12 228877638 4e-44
CaES1574 Pepper.v.1.5.chr12 195410084 1e-98
CaES1577 Pepper.v.1.5.chr12 56419 3e-67
CaES1578 Pepper.v.1.5.chr12 1205327 2e-70
CaES1647 Pepper.v.1.5.chr12 32761409 2e-92
CaES1690 Pepper.v.1.5.chr12 228459754 1e-101
CaES1691 Pepper.v.1.5.chr12 231621702 2e-34
CaES1693 Pepper.v.1.5.chr12 1270230 6e-70
CaES1703 Pepper.v.1.5.chr12 3125567 3e-98
CaES1707 Pepper.v.1.5.chr12 221859105 1e-112
CaES1744 Pepper.v.1.5.chr12 222301679 1e-117
CaES1789 Pepper.v.1.5.chr12 228776621 2e-86
CaES1810 Pepper.v.1.5.chr12 229782456 3e-78
CaES1856 Pepper.v.1.5.chr12 14659422 1e-140
CaES1860 Pepper.v.1.5.chr12 207331883 2e-43
CaES1887 Pepper.v.1.5.chr12 10320147 8e-60
CaES1889 Pepper.v.1.5.chr12 224816678 3e-51
CaES1895 Pepper.v.1.5.chr12 228955770 6e-36
CaES1903 Pepper.v.1.5.chr12 224786527 1e-124
CaES1911 0.0 190 Pepper.v.1.5.chr12 3294607 4e-32
CaES1943 Pepper.v.1.5.chr12 124735024 1e-121
CaES1950 Pepper.v.1.5.chr12 5452380 1e-130
CaES1960 Pepper.v.1.5.chr12 198695336 1e-104
CaES1967 Pepper.v.1.5.chr12 183060483 2e-65
CaES1970 Pepper.v.1.5.chr12 154381894 1e-107
CaES1977 Pepper.v.1.5.chr12 206981709 1e-143
CaES1982 Pepper.v.1.5.chr12 157809340 1e-150
CaES2055 Pepper.v.1.5.chr12 189841510 1e-121
CaES2059 Pepper.v.1.5.chr12 51725273 1e-116
CaES2086 Pepper.v.1.5.chr12 83029100 1e-86
CaES2112 Pepper.v.1.5.chr12 224685619 1e-109
CaES2114 Pepper.v.1.5.chr12 217507654 7e-99
CaES2116 Pepper.v.1.5.chr12 44341554 2e-45
CaES2127 Pepper.v.1.5.chr12 5824863 1e-86
CaES2131 Pepper.v.1.5.chr12 155442628 1e-112
CaES2132 Pepper.v.1.5.chr12 79220076 5e-92
CaES2137 Pepper.v.1.5.chr12 223515736 1e-123
CaES2145 Pepper.v.1.5.chr12 229064029 2e-81
CaES2146 Pepper.v.1.5.chr12 11646923 1e-132
CaES2157 Pepper.v.1.5.chr12 222409681 5e-65
* Best match positions of the marker sequences to the genome databases using tblastx (<1e-20) without filtering query sequence.

Total Entries: 384


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